刑事和解案件应由检察机关直接作不起诉决定而不宜退回公安机关撤案。我国刑事诉讼法已明确规定：对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。据此，在审查起诉阶段发现案件符合刑事和解条件，双方当事人达成调解协议并已履行赔偿义务的，应当作出不起诉决定。但在实践中，有的办案部门在案件经过调解达成协议后，却依照刑诉法第一百四十条第二款的规定，把案件退回公安机关，由公安机关作撤案处理。笔者认为此做法不妥：一是因为法律已经明确规定了检察机关对于符合条件的案件可作出不起诉决定，检察机关不能轻易放弃法律赋予检察机关的不起诉职权；二是刑事诉讼法第一百四十条第二款规定是针对案件证据不足退回公安机关补充侦查的情况而设立的，因此，使用该条款将案件退回公安机关作撤案处理明显不妥。
(三)审判阶段适用仅限于自诉案件
我国刑事诉讼法第一百七十二条规定：人民法院对自诉案件，可以进行调解；自诉人在宣告判决前，可以同被告人自行和解或者撤诉。那么，对检察机关提起公诉的案件是否可在人民法院的主持下达成调解协议并适用刑事和解撤销案件？笔者认为不能，否则就是把公诉案件等同于自诉案件处理，而两者是有本质区别的。前者是以国家公诉人的名义进行控诉，代表了国家和全社会的利益，而后者仅代表被害人个人利益；从权力的属性看，检察机关的公诉权是法律规定承担公诉职能的国家专门机关，为维护公共利益，依法决定是否将特定的犯罪嫌疑人交付审判、支持公诉以及提请法院改变错误刑事判决的一种权力，这一权力是任何机关都不可侵犯的。如果人民法院对公诉案件直接适用刑事和解撤销案件，即变相将公诉案件转为自诉案件处理，其结果是直接剥夺和侵害了检察机关的公诉权。因此，在审判阶段双方当事人达成调解协议的，人民法院只能对犯罪嫌疑人作出酌情从宽判决或免于刑事处罚的处理。
三、刑事和解机制的完善
(一)严格适用刑事和解的范围和条件
在适用刑事和解过程中，司法机关应严格掌握其适用的范围和条件。适用刑事和解应仅限于犯罪嫌疑人系偶犯、初犯，因民间纠纷引发的且社会影响不大等案件，应绝对排除再犯、累犯、惯犯以及其他雇凶伤人